DESCRIPTIONS DES UE OBLIGATOIRES-Semestre 1
RESPONSABLES : Sandrine CABURET & Fabien FAUCHEREAU
Intervenants : Sandrine Caburet, Jean-Charles Cadoret, Fabien Fauchereau, Delphine Flatters, Délara Sabéran-Djoneidi, Anne-Laure Todeschini, Bruno Toupance, Claire Vandiedonck, Jonathan Weitzman + conférencier invité : Rafael Galupa
Description :
L’enseignement dispensé dans l’UE1 aborde tous les aspects essentiels de la génomique, depuis les notions fondamentales de structure, de variations et d’évolution des génomes jusqu’aux stratégies d’analyse, outils techniques et méthodes bioinformatiques nécessaires à leur étude. La variabilité génétique humaine est particulièrement mise en avant de façon à aborder les notions essentielles de diversité au sein de populations et de causalité vis-à-vis de maladies.
Les TD-TPs sur ordinateur sont intercalés en fonction de leur emplacement le plus logique, au fur et à mesure des notions enseignées en cours.
RESPONSABLES : Anne-Laure TODESCHINI
Autres enseignants : Sandrine Caburet, Hervé Lalucque, Sophie Malinsky, Jean-François Ouimette, Délara Saberan-Djoneidi, Guillaume Velasco, Jonathan Weitzman
Description : Cet enseignement a pour objectif d’approfondir vos connaissances sur la transcription des gènes et sur le devenir des ARNm, sur les régulations épigénétiques incluant la structure de la chromatine et les modifications des histones ainsi que sur les éléments transposables, constituant important des génomes.
Objectifs en termes de connaissances : Connaissance des mécanismes majeurs de contrôle de l’expression du génome, et de la mise en place et la maintenance des états de différenciation. Connaissance des approches expérimentales et des techniques correspondantes
RESPONSABLES : Isabelle BECAM (UPC), Sandra CLARET (UPC),
Autres intervenants: Véronique Dubreuil (UPC), Pierre Kerner (UPC)
Description
Cet enseignement a pour objectif de mettre en évidence un certain nombre de concepts fondamentaux de la biologie du développement actuelle en y apportant une approche comparative multi-organismes. Cet enseignement a également une vocation méthodologique: quelles sont les questions fondamentales de la biologie du développement, quels sont les outils techniques et conceptuels pour y répondre et comment sont-ils mis en œuvre dans l’étude du développement animal ? L’enseignement sera dispensé sous forme de thèmes transversaux, en mettant l’accent sur la robustesse des programmes de développement mais aussi la certaine souplesse avec laquelle ils sont exécutés. L’enseignement sera dispensé sous forme de séances de cours et travaux dirigés.
Tous les documents en rapport avec le cours seront disponibles en ligne (Moodle Université de Paris).
Cinq thèmes transversaux:
1- Régulation de l’expression génique au cours du développement (3 séances cours + travail personnel)
2- Développement et architecture de la cellule (3 séances cours + 1 séance de TD + travail personnel)
3- Signalisation cellulaire et développement (3 séances cours + 1 séance de TD + travail personnel)
4- Spécification des identités cellulaires au cours du développement (3 séances cours + 1 séance de TD + travail personnel)
5- Lignage, cellules souches et organoïdes (2 séances cours + 1 séance de TD + travail personnel)
RESPONSABLE : Jean-Marc VERBAVATZ
Description :
L’objectif de cet enseignement est d’examiner les bases moléculaires de processus cellulaires comme le trafic intracellulaire, le métabolisme des lipides, la signalisation cellulaire, les transports cellulaires, la division cellulaire, la polarité cellulaire, l’apoptose et leur altération dans certaines pathologies. Les méthodes mises en oeuvre pour étudier ces processus seront discutées. L’enseignement sera dispensé sous forme de cours (un tiers), de séminaires de recherche (un tiers, souvent en anglais) et de travaux dirigés ou un travail personnel sera demandé (analyse d’article et présentations par groupes).
Thèmes transverses abordés :
-Traffic intracellulaire et métabolisme des lipides
-Polarité cellulaire et division cellulaire
-Stress oxydant et réponse immunitaire
RESPONSABLES : Alain ZIDER & Claire VANDIEDONCK
OBJECTIFS :
L’objectif de cet enseignement est d’intégrer les approches de génétique, génomique et biologie moléculaire, à l’analyse des données biologiques massives.
Les méthodes biologiques abordées incluront notamment la transgenèse et le clonage insertionnel, les analyses clonales et de surexpression, la mise en évidence d’interactions protéiques par des méthodes biochimiques et génétiques, les cribles basés sur des interactions protéiques, les outils de modification du génome (CRISPR) et enfin leur utilisation dans des approches génomiques à haut-débit.
Ces techniques expérimentales génèrent aujourd’hui des données en grand nombre, nécessitant des outils informatiques pour leur traitement, leur analyse, leur représentation et leur interprétation. Il existe des outils en ligne comme Galaxy adaptés à des analyses « standard » mais qui sont très vite limités quand il s’agit d’analyser les résultats plus en détail ou de traiter de très nombreux échantillons, ou encore d’enchaîner des traitements complexes (notion de workflow d’analyse). Nous proposons dans cet enseignement une initiation au travail sous Unix et à la programmation en utilisant le Bash et le langage R, lequel est très adapté à la représentation de données et à leur analyse statistique.
L’étudiant sera ainsi mieux armé pour faire face à la diversité et à la quantité des données expérimentales générées par ces approches et à leur analyse de manière indépendante, raisonnée et reproductible.
RESPONSABLES : Isabelle CAILLE & Souhila MEDJKANE
The aim of this course is to provide students with experience of preparing a funding application for a real research project. Students will work in assigned pairs. Each pair will be assigned a tutor.
You will design a new research project for two years in the host laboratory and convince a jury that you should be chosen for funding.
This course is taught and evaluated in English
THE TUTOR
Each project is directed by a tutor who is the head of the group or an experienced researcher in the laboratory.
You will meet 2-3 times with the tutor:
– to get an introduction to the research ongoing in the laboratory
– to discuss your project proposal and progress
– to discuss the presentation.
THE RESEARCH PROJECT
To design a research project you will need the following
– an understanding of the research field and an awareness of recent literature
– an awareness of work ongoing in the laboratory and any unpublished preliminary results
– a good idea of what the important questions are in the laboratory
– an awareness of the technologies, resources and equipment at your disposal
RESPONSABLES :
Sandra CLARET & Pierre KERNER
TD et Ateliers : Sandrine Caburet, Sandra Claret, Pierre Kerner, Patrick Laurenti, Alain Zider + intervenants de l’équipe Papier-Mâché
Description :
Ce module a pour objectif de vous familiariser avec plusieurs moyens de diffusion de l’information scientifique (l’article scientifique, le résumé et une communication scientifique à destination du grand public). Dans un premier temps, Il s’agira de comprendre comment un article scientifique est structuré et rédigé, afin de pouvoir en extraire la « substantifique moelle ». Nous vous expliquerons également la vie d’un article scientifique depuis sa conception jusqu’à sa publication. Enfin, nous analyserons en détail, sur la base d’un exemple réel, la structure classique d’un article scientifique. Nous aborderons également les notions de fraude et de « scientific misconduct », ainsi que la façon de bien préparer une figure.
Lors d’un premier atelier pratique, vous travaillerez par petits groupes sur un résumé de stage, afin de vous exercer à structurer un résumé scientifique.
Puis dans la seconde partie de cette UE, vous vous initierez à la vulgarisation scientifique, un exercice délicat qui consiste à transmettre des notions scientifiques de manière attrayante et intéressante à un public ciblé, tout en gardant un juste équilibre entre la simplification des concepts et la rigueur scientifique du propos. Pour cet exercice, vous produirez, toujours en petit groupe, un “papier mâché”, c’est à dire une version grand public d’un article scientifique, qui sera publiée en parallèle sur le site du collectif Papier-Mâché et sur le blog CBioNum de l’UFR Science du Vivant. Vous aurez pour cela 2 ateliers d’écriture qui vous permettront de recevoir une aide plus directe.
DESCRIPTIONS DES TPs - 2 ECTS
1 TP est choisi parmi les 4. Chaque TP dure une semaine et a lieu au 1er semestre.
RESPONSABLES :
Souhila MEDJKANE & Jean-François OUIMETTE
Descriptif du TP :
Ce TP de 1 semaine vous permettra d’aborder de manière concrète quelques principales techniques utilisées lors de l’étude d’un facteur de transcription et des régulateurs épigénétiques. Nous étudierons la régulation de l’expression génique par un facteur de remodelage chromatinien. Pour cela, vous disposerez d’un modèle cellulaire dans lequel une variante du système CRISPR-Cas9 permet soit la répression, soit l’activation de l’expression de ce facteur chromatinien. Vous validerez d’abord ce système par une approche en Western blot. Ce système cellulaire vous permettra ensuite de tester la fixation du remodeleur chromatinien à un promoteur cible en utilisant la technique d’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP). Enfin, vous analyserez l’impact de l’expression de ce facteur sur l’état de méthylation de la lysine 4 de l’histone H3 (H3K4). En outre, durant cette semaine vous serez responsabilisés face à vos expériences et aurez à organiser vous-même votre temps en planifiant les différentes manipulations à faire dans la journée (avec nos conseils bien sûr !).
Les objectifs de ce TP sont :
– de valider par une approche semi-quantitative en Western-blot le système cellulaire CRISPR-Cas9 activateur et répresseur
– de réaliser une expérience d’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) pour tester la fixation d’un régulateur transcriptionnel à un locus cible,
– de réaliser une expérience d’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) pour tester la présence de modifications post-traductionnelles d’histones (H3K4 tri-méthylée),
– de réaliser une PCR quantitative,
– de développer une analyse critique complète de ces approches expérimentales,
– de vous autonomiser en planifiant les différentes expériences à faire dans la journée .
RESPONSABLES : Ghislaine GARREL-LAZAYRES & Mélina HEUZE
L’objectif de ce TP (25h) est de caractériser le processus de différenciation des cellules de la lignée PC12 en culture. Les changements morphologiques (microscope optique), les modifications d’expressions protéiques (Western blot) et l’effet sur le cycle cellulaire (cytométrie en flux) seront analysés suite à une différenciation induite par les facteurs de croissance NGF et FGF.
Les étudiants apprendront également à quantifier et analyser les données obtenues pendant la semaine.
Expérimentations
Culture de cellules, Induction de la différenciation par différents traitements
Extraction de protéines, Western blot et quantification avec ImageJ
Microscopie à transmission et analyse d’images avec ImageJ
Cytométrie en flux et analyse du cycle cellulaire
RESPONSABLE : Christine LELANDAIS & Céline Sorin
Le TP consiste à étudier le phénomène de silencing/interférence ARN chez les plantes. Ce mécanisme naturel permet notamment une protection contre les virus ou la propagation des éléments transposables. Il est aussi fréquemment initié chez les végétaux lors des transformations génétiques.
Outre l’intérêt général des mécanismes de l’interférence ARN, le TP permet aux étudiants de s’initier à des techniques de manipulation des plantes (y compris leur transgénèse stable ou transitoire), de revoir des méthodes de base de biologie moléculaire et cellulaire (RT-PCR, analyse de méthylation de l’ADN, visualisation in planta de protéines rapportrices) mais aussi de se sensibiliser aux méthodes spécifiques de l’analyse des petits ARNs (siARN, miARN).
La principale partie du TP consiste à étudier plusieurs lignées de la plante modèle Arabidopsis thaliana transformées avec une construction destinée à sur-exprimer un gène rapporteur mais dans lesquelles ce transgène est silencé (ou non…). Nous réaliserons l’analyse de ces lignées de façon à déterminer lesquelles sont soumises au silencing et identifier le type de silencing impliqué (transcriptionnel ou post-transcriptionnel). Pour cela, différentes approches expérimentales seront mises en oeuvre :
- culture in vitro des plantes sur milieu sélectif
- restriction par des enzymes sensibles ou non à la méthylation (ou traitement au bisulfite, en fonction des années)
- RT-PCR quantitative (ARNm et siARN)
- dosage (fluorimétrie) et localisation in planta (microscopie) de l’activité enzymatique de la protéine rapportrice
- localisation in planta de protéines impliquées dans les différentes voies de silencing (microscopie à fluorescence)
Une deuxième partie du TP consistera à mettre en évidence la mobilité des siARNs dans la plante, une caractéristique essentielle pour l’immunité anti-virale. Pour cela, nous provoquerons localement le silencing de la GFP dans des plants de tabac GFP+. Les étudiants pourront dès lors observer la mise en place puis la propagation du silencing, à partir des feuilles infectées vers le reste de la plante. L’effet combiné de suppresseurs de silencing d’origine virale sera aussi testé.
RESPONSABLES : Sandra CLARET & Anne-Laure TODESCHINI
Ces travaux pratiques ont pour objectif pédagogique de vous faire découvrir expérimentalement le modèle Drosophila melanogaster et de vous faire manipuler quelques outils génétiques disponibles chez cet organisme.
L’ensemble de ce travail sera fait dans le cadre d’un projet de recherche portant sur la caractérisation du rôle de la protéine de polarité PAR-3 dans l’ovocyte de drosophile. Pour cela vous utiliserez des lignées transgéniques permettant la modulation de l’expression de la protéine de polarité PAR-3, via le système UAS-GAL4. L’expression du gène PAR-3 sera suivie par des techniques de biologie moléculaire (western blot) et le rôle de la protéine sera évalué par des techniques de biologie cellulaire (microdissection, marquage, microscopie confocale).
Enfin vous devrez proposer des expériences pour élucider les mécanismes mis en jeu pour expliquer les défauts observés.
Au niveau expérimental, ces travaux pratiques doivent conduire à l’acquisition :
- des techniques de base de la manipulation des drosophiles (identification des mâles/femelles vierges, tri des drosophiles selon leur génotype, croisement, maintien d’une lignée, observation des pontes, microdissection … ).
- de l’utilisation des outils génétiques (chromosomes « balancers », système UAS/GAL4 …).
- de techniques de biologie cellulaire (montage des ovarioles et des œufs, immunomarquage, marquage fluorescent de structures cellulaires, microscopie confocale …).
- de techniques de biologie moléculaire (extraction de protéines, SDS-PAGE, western blot)
DESCRIPTIONS DES UE OPTIONNELLES - Semestre 2 - 2 ECTS/option
RESPONSABLES : Jonathan WEITZMAN
The aim of the course is to cover the fundamental biology underlying these two ‘hyped’ fields.
We will explore what are the important fundamental discoveries in these fields, what are the recent technological advances, and what are the promises for therapeutic strategies of the future.
We will also try to see what the hype is all about and what can be learnt from the rise and fall of the stem cell and gene therapy eras. The course will be a combination of classes taught by Pr Weitzman and guest lectures by experts in the SC and GT field (from Pasteur, Necker etc).
This course will be in English
- Introduction to Stem cells and potency
- Asymmetry and Immortality
- The Immortal Strand Hypothesis – Shahragim Tajbakhsh (Pasteur)
- The Cancer Stem Cell Hypothesis
- Stems cells in the clinic
- Stem Cells and Controversy
- Gene Therapy : Principles and Perspectives – Olivier Danos (Necker)
- A therapeutic approach amongst others – Alain Fischer (Necker)
- The Stem Cell Debate: questions about ethics, science, and society – Simone Bateman (Paris 5)
- Rounding off – debate and conclusions
RESPONSABLE : Didier CASANE
Comprendre la diversité des systèmes de reproduction, l’architecture et le fonctionnement des génomes dans une perspective évolutive
Objectifs du cours : Cet enseignement se propose de présenter aux étudiants les apports des concepts et des méthodes de la biologie évolutive tels que la génétique des populations, la phylogénie moléculaire et la génomique comparée pour étudier la diversité des systèmes de reproduction et celle de l’architecture et du fonctionnement des génomes. Cette diversité sera analysée à la lumière des contraintes générales qui s’exercent à différents niveaux d’intégration, des gènes aux populations, mais aussi en fonction de contraintes plus spécifiques et dépendantes de la biologie des espèces. A titre d’exemple, nous discuterons du maintien, mais aussi parfois de la perte de la reproduction sexuée et de la recombinaison, du contrôle du taux de mutation en fonction de la taille des génomes, des biais de sex-ratio en fonction des traits d’histoire de vie, de l’évolution des conflits et de la coopération entre les gènes, les cellules et les organismes.
RESPONSABLES : Christophe MAGNAN, Serge LUQUET & Violaine SIMON
Objectifs : Cette ECUE vise à illustrer les stratégies techniques et conceptuelles utilisées pour l’étude des processus physiologiques et de leurs dérégulations. L’accent sera mis, en particulier, sur l’importance –et les limites- du développement de modèles animaux pour la compréhension, à l’échelon intégré, du rôle de gènes spécifiques. Les exemples seront choisis dans le cadre des deux grandes fonctions : la reproduction et le maintien de la balance énergétique.
RESPONSABLES : Anne-Laure TODESCHINI & Sophie MALINSKY
Objectifs
Les éléments transposables constituent une fraction importante des génomes. L’UE obligatoire au semestre 1 « Régulation de l’expression génique et épigénétique » comporte un volet concernant les connaissances générales sur cette composante du génome qui sera approfondi au cours de cette option. Les développements des techniques d’étude des génomes à grande échelle ont donné un nouvel essor à la caractérisation des éléments transposables et de leur mécanisme de mobilisation ainsi qu’à leur contribution à la dynamique et à la plasticité des génomes.
L’option est organisée sous forme de séminaires animés par des conférenciers spécialistes du domaine.
Différents thèmes sont abordés :
# Recherche et annotation des éléments transposables dans des génomes séquencés ou non
# Conditions de mobilisation des éléments transposables (stress, polyploïdisation,…)
# Mécanismes de mobilité au sein des génomes
# Mécanismes de régulation de la transposition mis en place par l’hôte
# Dynamique évolutive des éléments transposables au sein d’une espèce
# Contribution à l’évolution des génomes (innovation génétique, plasticité,…)
RESPONSABLE : Thomas BOURGERON
Description:
Dans cette option de 20h (10 x 2h), les étudiants rencontrent des chercheurs spécialistes dans l’identification et la caractérisation de gènes responsables de maladies chez l’homme ou de traits complexes comme l’autisme. Plusieurs intervenants scientifiques et/ou médecins présentent leurs résultats sur l’infertilité, les maladies rénales, les rétinites pigmentaires, les amyotrophies spinales, la vulnérabilité aux maladies infectieuses, la déficience intellectuelle, l’autisme, les tests préimplantatoires … Le but de cette option est de présenter les différentes stratégies que les chercheurs utilisent pour identifier les causes génétiques, les mécanismes biologiques et les traitements de certaines maladies monogéniques ou multifactorielles. En particulier, l’apport des nouvelles approches d’identification des gènes est abordé comme le séquençage de nouvelle génération du génome complet. Il y a environ 8 thèmes abordés et un temps important est consacré à la discussion avec les intervenants. Les conséquences éthiques de ces découvertes sont aussi abordées.
RESPONSABLES : Fabien FAUCHEREAU & Claire VANDIEDONCK
Descriptif du cours
Cet enseignement présente les approches utilisées à l’heure actuelle en génétique humaine pour localiser les gènes impliqués dans l’apparition de maladies génétiques. Il n’est pas redondant avec le cours de L3 et est complémentaire du tronc commun du M1. Les nouveaux entrants au Magistère pourront suivre ce module, les TP et TD étant l’occasion de revenir sur les concepts essentiels. Sont abordées notamment les analyses de liaison et d’association adaptées aux maladies à transmission multifactorielle. L’exploitation des données de génotypage à haut débit est abordée au cours des TP. Les cours magistraux expliquant les différentes approches sont suivis de travaux dirigés et de travaux pratiques sur ordinateur afin d’aider à la compréhension des concepts abordés. Enfin, un séminaire du Dr Thierry Grange permet d’illustrer les applications de cette discipline sur nos connaissances de l’histoire de l’espèce humaine (évolution et démographie).
A l’issue de cet enseignement, l’étudiant possédera à la fois de solides bases théoriques et des compétences informatiques lui permettant de travailler sur les projets de génétique humaine actuels.
RESPONSABLES : Sandrine CABURET & Claire VANDIEDONCK
L’objectif de cet enseignement est de partir de questions biologiques actuellement posées en génomique et de les traiter avec des outils de bioinformatique en ligne de commande ou via des interfaces web.
Cette UE reposera sur les connaissances déjà acquises en bioinformatique (bash, R) dans le cadre de l’UE obligatoire « Approches génétiques et génomiques à l’ère des données massives » du tronc commun. Les questions biologiques posées seront au cœur de l’enseignement dispensé et seront aussi l’occasion d’approfondir l’enseignement en bioinformatique en termes de programmation (par exemple : bash, R, python, applications Shiny…), de gestion de l’environnement et de versionnage (par exemple : conda, GitHub…), ou de présentation des résultats (jupyter notebook).
RESPONSABLE : Philippe Girard
OBJECTIFS :
- Présenter les bases des différentes techniques modernes d’imagerie cellulaire actuellement utilisées en biologie.
- Développer les approches méthodologiques pour la visualisation et l’analyse quantitative des processus moléculaires en cellules et organismes vivants.
- Utiliser le logiciel open-source ImageJ/Fiji (et similaires) pour extraire de manière quantitative des informations sur des images prises par microscopie de fluorescence.
Les bases des techniques d’imagerie et les méthodologies abordées sont développées en s’appuyant sur plusieurs questions biologiques.
RESPONSABLES : Antonino NICOLETTI & Marie LE BORGNE
Cette UE permet d’acquérir une vision globale et avancée du système immunitaire dans son fonctionnement physiologique et son implication dans diverses pathologies.
Ainsi, une partie des enseignements expose la réponse physiologique aux agressions : “Inflammation”, “Autoréactivité et auto-immunité”, « Organogenèse et néogenèse lymphoïdes”, « Réponses immunitaires humorales thymo-dépendantes et thymo-indépendantes”.
Plusieurs cours sont également proposés sur les anomalies/pathologies des réponses immunitaires: “Rejet de greffe”, “Allergies”, “Mécanismes d’échappement à l’immunosurveillance des micro-organismes et des cancers ».
Enfin, lors d’une séance de TD, plusieurs études illustrant certains des concepts vus en cours seront analysées.
RESPONSABLE : Jean-Luc FERAT
This course can be held in English.
Description
This course aims to analyze the approaches, methods and tools used in genetics to analyze various biological processes ranging from pathogen-host interaction to development and evolution. We will analyze recent scientific articles with particular attention on the methodological approaches. We will try to understand the power of the classical genetic approach and how the global “omics” methods are feeding and renewing the genetic approaches.
Organization
Two related papers will be analysed each week. Students will work in pairs. Each pair will be assigned a scientific article that will be used to prepare a presentation (30 min.). A student will also chair each session, presenting the “theme of the day” and animating the discussion (one hour). All students are required to read all the papers and discuss it .
One or two scientists may be invited to present their work.
RESPONSABLES : Moussa BENHAMED & Christine LELANDAIS-BRIERE
Objectifs: Ce cours tente de faire le point sur les modes d’action et les rôles biologiques des ARNs non codants dans différents systèmes biologiques modèles (mammifères, insectes, nématodes et plantes). La démarche scientifique à l’origine de leur découverte et les méthodologies récentes de leur étude sont mises en avant dans l’ensemble des enseignements.
L’option est organisée sous forme de Cours/TD, de séminaires de recherche et d’analyses d’articles/exposés.
RESPONSABLES : Souhila Medjkane & Guillaume Velasco
Lors des enseignements dispensés dans le module obligatoire d’épigénétique, les étudiants se sont familiarisés avec la notion d’épigénétique, et ont appréhendé les mécanismes moléculaires sous-jacents. Le programme mis en place pour cette option a pour objectif d’approfondir ces connaissances, en illustrant la complexité et la diversité des phénomènes épigénétiques au sein de différents organismes (mammifères, plantes, paramécies), au travers d’exemples variés (empreinte parentale, inactivation du chromosome X, inactivation des séquences répétées du génome, mémoire épigénétique …). Chaque cours-conférence est animé par un chercheur, spécialiste du domaine traité. En complément de ces conférences d’experts, les responsables de l’option animeront des ateliers (4x2h) dont la thématique est “l’hérédité épigénétique”. Au cours de ces ateliers, des questions relatives à l’épigénétique intergénérationnelle et transgénérationnelle seront discutées et permettront d’engager une réflexion autour de ce phénomène assez controversé qu’est l’hérédité épigénétique. Le fruit de ce travail sera restitué sous la forme d’un pod-cast.
RESPONSABLE : Laura MONLEZUN
INTERVENANTS : Laurent DEBARBIEUX, Shaynoor DRAMSI, Olivier DUSSURGET, Jost ENNINGA, Jean-Marc GHIGO, Emmanuel LEMICHEZ, Patricia LEPAGE, Laura MONLEZUN, Eduardo ROCHA, Eliette TOUATI
OBJECTIF — Ce cours vise à illustrer les grandes avancées de la microbiologie actuelle. Il s’étend des aspects fondamentaux de la biologie cellulaire et moléculaire des microorganismes aux applications les plus récentes de l’étude du monde microbien en passant par les approches technologiques innovantes. Il consiste en une série de conférences présentées par des chercheurs à la pointe de leur domaine.
RESPONSABLE : Pr Guillaume ACHAZ
RESPONSABLES : Isabelle Caillé & Véronique Dubreuil
Le cours d’Isabelle Caillé (10h) concerne le développement du système nerveux et sa plasticité: comment à partir de quelques cellules formant le tube neural est générée l’extraordinaire complexité du système nerveux, pendant la vie embryonnaire et après la naissance? Nous nous intéresserons également aux propriétés extrêmes de plasticité du cerveau adulte.
Le cours de Véronique Dubreuil (6h) s’intéressera à certaines fonctions complexes du cerveau en particulier la mémoire et le langage, et aux pathologies associées à leurs dysfonctionnements.
Le cours de Giuseppe Gangarossa (4h) se focalisera sur le système de récompense et le circuit des émotions en détaillant les techniques actuelles utilisées pour visualiser l’activité des neurones ou la modifier in vivo (optogénétique, chémogénétique).
RESPONSABLES : Raphael ITZYKSON & Matthieu DUCHMANN
Objectifs: Initiation à la recherche en cancérologie. Focus sur la génétique somatique des cancers et la biologie cellulaire des cellules cancéreuses. Un soin particulier est apporté pour présenter les modèles expérimentaux d’études des cancers, leurs avantages et leurs limites, et les enjeux conceptuels actuels dans la compréhension des mécanismes d’oncogénèse, plutôt que d’aborder de façon exhaustive tous les processus participants à la transformation cancéreuse (métabolisme, immunologie…), ou tous les types de tumeurs : les leucémies sont souvent prises comme modèle d’étude dans plusieurs cours, pour ne pas avoir à représenter le contexte clinique propre à chaque cancer.
RESPONSABLES: Didier CASANE & Pierre KERNER
Objectif et contenu de l’UE : Cet enseignement a pour objectif d’initier les étudiants aux concepts et méthodes fondamentaux pour comprendre la plasticité et l’évolution du développement chez les animaux. Il s’appuiera sur et fera lien entre les enseignements de biologie évolutive (génétique des populations, phylogénie et évolution moléculaire des génomes) et de biologie du développement (embryogenèse et génétique du développement) dispensés en L3 et M1 et renforcera ces deux axes importants du magistère de génétique. Cet enseignement abordera des aspects peu ou pas enseignés dans d’autres modules d’enseignement, notamment la nécessité de tenir compte de la composante environnementale pour comprendre le développement et son évolution.
Les compétences visées par cet enseignement sont : (i) appréhender l’importance de la biologie du développement comparée dans la compréhension de l’évolution des animaux et inversement l’importance de la dimension évolutive dans l’étude de leur développement ; (ii) identifier les causes génétiques des modifications du développement au cours de l’évolution et le potentiel adaptatif de ces modifications ; (iii) comprendre le rôle de l’environnement dans le développement et l’évolution du développement des organismes.
Les enseignements seront dispensés sous forme de cours théoriques introduisant les principaux concepts et méthodes et de séances de discussion d’exemples concrets à partir de l’analyse d’articles de recherche et/ou de revue. Les analyses d’articles seront évaluées.
RESPONSABLES :
Véronique GRUBER & Jonathan WEITZMAN
Objectifs :
Comprendre le fonctionnement des entreprises.
Approcher l’aspect « Recherche et Développement « en entreprise.
Programme :
- Structure, organisation et fonctionnement d’une entreprise
- Stratégie R&D d’une entreprise
- Priorités d’une entreprise
- Savoir-faire, expertise, innovation
- Evolution de la carrière de chercheur en entreprise
- Développement de partenariats en R&D
- Veille concurrentielle
- Propriété intellectuelle
RESPONSABLES : Marc NADAL & Jean-Charles CADORET
Objectif : Connaître les mécanismes moléculaires fondamentaux assurant une transmission stable de l’information génomique et épigénomique au niveau cellulaire, au niveau de la vie d’un individu et au niveau évolutif. Les processus responsables de l’altération de cette stabilité seront aussi étudiés accompagnés par les enjeux sociétaux que posent ces altérations.
Cet enseignement sera sous la forme d’un cycle de conférences (cours) dont les séquences suivraient une ligne pédagogique définie permettant l’appréhension des enseignements par les étudiants de la manière la plus intégrée possible. Cette ligne pédagogique s’efforcera de faire le lien entre les processus moléculaires mise en jeu et l’organisation au niveau génomique, cellulaire et de l’individu.
L’enseignement portera donc sur plusieurs thématiques et avec plusieurs organismes modèles (bactéries, archées, champignons, plantes et métazoaires dont mammifères) :
– Les dommages à l’ADN induits par des facteurs intrinsèques ou extrinsèques
– La réplication de l’ADN, sa régulation et ses dysfonctionnements
– Les conditions créant de l’instabilité dans un génome
– Les différents mécanismes moléculaires permettant la stabilité du génome.
– L’impact de ces différents mécanismes sur :
> la cellule
> l’individu
> l’évolution
> le vieillissement